Instituttets seks forskningssektioner beskæftiger sig med en række specifikke forskningsområder inden for hver sektion. Nedenfor er listet de seks forskningssektioner og deres forskningsområder. 

Medarbejderne samarbejder også på tværs af forskningsområder og sektioner i instituttets fire forskningsfaglige flagskibe.

Afgrødesundhed

• Frøvidenskab og -teknologi
• GMO
• Herbologi og applikationsteknik
• Naturstofkemi og miljøkemi
• Pesticidresistens
• Plante-miljø interaktioner
• Sygdoms- og skadedyrmanagement
• Økosystemtjenester 

Entomologi og Plantepatologi

• Det Globale Rustcenter
• Diagnosticering af skadegørere
• Entomologi
• Honningbiens sygdomme, genetik og bestøvning
• Molekylær økologi 
• Økologisk modellering

Jordbiologi og Næringsstoffer

• Biochar
• Efter- og mellemafgrøder
• Græsøkosystemer
• Mikrobiel økologi
• Næringsstoffer i organisk og uorganisk gødning 

Jordbrugsproduktion og Bæredygtighed

Jordfysik og Hydropedologi

• Arktiske jorde
• Digital jordbundskortlægning
• Jordkvalitet
• Jordmekaniske egenskaber
• Transport af vand og fremmede stoffer 

Klima og Vand

• Agrohydrologi
• Agroøkologisk systemmodellering
• Bioenergi
• Informatik og GIS
• Klimaændringer og -tilpasninger
• Landbrugets klimabelastning
• Vandkvalitet