Sektionens formål er anvendt og grundlagsskabende forskning i forebyggelse og bekæmpelse af plantesygdomme og –skadedyr, honningbiens sygdomme foruden skadedyr (insekter og mider) i husdyrbrug, lagre, fødevareproduktion, på mennesker og kæledyr, i bygninger og materialer. Endvidere at anvende sektionens ekspertiser til at indgå i internationale forskningsprojekter og at bidrage til forskningsbaseret myndighedsbetjening, undervisning og informering af offentligheden. Sektionens mål er gennem sin forskning at kunne anvise forebyggelses- og bekæmpelsesmetoder, der mindsker miljøbelastningen og fremmer en bæredygtig produktion foruden at frembringe ny viden om skadegørere.