Planter er omgivet af en enorm diversitet af mikroorganismer, både på bladene og omkring rødderne. Kun en lille del af denne diversitet, hovedsagelig plantepatogener og enkelte gavnlige organismer som mykorrhizasvampe og rhizobier, er velkendt. Indflydelsen af den øvrige biodiversitet på plantesygdomme og generelt på plantens sundhed og modstandsdygtighed er stort set ukendt.

Vi forsker i plantens samspil med den enorme mikrobielle biodiversitet og dens indflydelse på plantens modstandskraft. Vi studerer hvordan planten samler sit mikrobiom, f.eks. ved hjælp af udskilte sekundære metabolitter. Vi undersøger hvordan planten drager nytte af mikrobiomet til f.eks. at optage næringsstoffer bedre eller at forhindre sygdomme i at udvikle sig. Vi fokuserer særligt på mikrobiomets betydning for skadevoldende svampe, oomyceter og nematoder. Samtidig studerer vi sammenhænge mellem biodiversiteten under og over jorden og hvordan agronomiske metoder som f.eks. sædskifter, pløjning og gødskning påvirker den mikrobielle biodiversitet i jorden og dermed plantens modstandsdygtighed og vækst. 

Vi arbejder mest med metagenomics, som med meget stor opløsning fortæller, hvilke mikroorganismer optræder i et givent miljø, hvordan de ændrer sig under forskellige påvirkninger og hvad de laver. Vi har et tæt samarbejde med landbrugserhvervet, da vi arbejder for, at vores resultater kan bruges til gavn for en bæredygtig planteproduktion som udnytter biodiversiteten.