Mikroorganismer er afgørende for planters vækst og sundhed. Patogene mikroorganismer er årsagen til en række plantesygdomme, som kan have alvorlige konsekvenser for udbytte og kvalitet af vores afgrødeplanter. På den anden side står andre mikroorganismer for omsætningen af planterester og næringsstoffer i jorden og er dermed med til at understøtte planters vækst. Mange mikroorganismer beskytter planter mod sygdomme og styrker deres generelle modstandskraft over for ugunstige forhold, fx tørke. Viden om mikroorganismers biologi og samspil med planter og jordmiljøet er derfor en forudsætning for en bæredygtig produktion af sunde planter, der er robuste over for sygdomme og stresspåvirkninger fra miljøet, herunder de udfordringer, som klimaændringer medfører.